白癜风医院哪家好 http://wapyyk.39.net/bj/zhuanke/89ac7.html丙肝HCV病*具有高度的遗传多样性，目前分为8个基因型86个亚型，基因型和亚型数目还在持续增加中。对不同分型HCV病*提出有针对性地的治理方案，对丙肝的治疗和防控有着深远的影响，而病*的遗传多样性则成为该领域的重要挑战。因此，表征新的亚型并了解新亚型对治疗结果的潜在影响对临床研究很有必要。
在一项针对NS5B型HCV病*抑制剂索非布韦（SIF）的临床研究中，纳入了共计例不同类型丙肝患者，研究者从微量血浆样本中获得HCVRNA，通过全基因组测序技术，获得了所有受试者HCV的基因型和亚型（下图），分型出新的HCV病*成员：
全部受试者中，大于99.5%的患者其HCV病*亚型与86种已知亚型之一密切相关，而其余不到0.5%的受试者（54人）种，亚型与已知亚型的一致率均小于85%。为了确定这些患者的HCV亚型，进行了微量血浆样本（42例）的HCV全基因组测序。其中，14例病人感染的为已知亚型病*，4例病人为多病*株和重组感染，5例测序失败，而其余19例病人则鉴定为新的亚型。
经过SimPlot分析，这些新亚型之间不存在重组断点。对其中的基因型2（GT2），已知亚型不同于15个已确认亚型和8个未分类亚型（下图）。与基因型2相比，基因型4（GT4）具有更高的遗传多样性，包含18个已确认的亚型和10个未分类亚型。5个患者为新的GT4亚型，他们在系统进化上彼此不同且有别于GT4的其他亚型（下图）。
此外，鉴定出一名新基因型1亚型的感染者。该亚型与13个已知亚型和7个未分类亚型存在明显差异（下图）。此外，鉴定出1例具有新基因型5亚型的患者。该亚型与5a不同，后者是唯一确认为基因型5的亚型。有别于GT5，GT6是最多样化的基因型，有多达29个已知和26个未分类亚型。研究鉴定出两个新型基因型6的亚型，它们在系统进化上彼此不同，且有别于其他已知亚型（下图）。
对感染新型HCV病*的患者进行统计，发现19例患者中有12例来自法国（下表），两例来自英美，加拿大，印度和台湾各一例。其中，法国患者比例过高，主要是新GT2和新GT4的亚型居多，亚型分布之间也存在人种和性别差异偏好。
研究还对新亚型HCV分离株的耐药性进行了分析（下表）。在9个GT2型的新型病*株中，基线研究没有发现NS3抗性；在NS5A中，基线研究发现独立的T24S或其他关联RAS.新型GT4中主要为NS5A和NS5BRAS；亚型1b中则没有菌株具有NS5BRAS。新型GT1患者中观察到Q30R和L31M,但是NS5B中没有RAS，在该患者的隔离物种未发现VEL和SOF的敏感度下降。
从新亚型感染患者的治疗效果来看，包含SOF治疗方案中大部分患者有持续的病*学应答（SVR）。有患者在接受LDV/SOF治疗失败后转用SOF/VEL/VOX治疗12周，实现SVR。唯一未达到SVR的患者感染的是新型GT1亚型HCV。值得注意是的，通过SOF/VEL或SOF/VEL/VOX（VELEC50增加了两倍增加）治疗的患者有5例分离株实现了SVR。
研究分离并鉴定出19个新的HCV基因型或亚型，极大拓展了HCV家族的多样性。从患者血液中分离获得HCV病*基因组，亦是病*临床研究的难点——如何能够从细胞类型多样的血浆样本中获得含量低微的病*核酸，尤其是这种RNA病*，对新型病*的发现和研究十分重要。
研究者从uL血浆中提取HCVRNA，并利用Tecan的OvationRNA-seqV2建库试剂盒进行RNA的反转和扩增，采用等温线性扩增技术（SPIA）获得双链DNA，并利用Tecan的OvationUltralow建库试剂盒进行微量文库构建，获得测序文库。
值得一提的是，Tecan的OvationRNA-seqsystemV2建库试剂盒提供了一种创新的cDNA扩增解决方案，可以从pg-ng的极微量总RNA中获得高质量cDNA，全过程仅需4.5小时。更结合Tecan专利的SPIA技术，可以更好地从有限和降解的样品，实现无偏倚、高度可重复的RNA扩增，有效保存样品中的生物信息，且对困难样本中的抑制剂有容忍性，广泛适用于多种复杂困难类型样本。
?低样本起始量和样本质量要求，快捷工作流程可证合文库构建，只需6.5小时即可实现总RNA到测序文库构建的组合操作。
?性能稳定——微量建库亦能获得重复性极佳的结果（下图）
?测序均匀——同比其他类型试剂，所获得的测序序列在基因组上分布更加均匀，无3‘端序列偏向性。
?易于验证——用于差异表达分析的结果与qPCR结果高度一致。
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